Historische Quellen sprechen von ihm als „das neue Werk" und weisen damit auf die Pläne Herzog Friedrich III. von Schleswig-Holstein-Gottorf hin, nördlich der Schlossinsel einen Garten anlegen zu lassen. Ab 1637 begann hier Friedrichs neues Werk, ein Terrassengarten nach römischer Manier, zu entstehen. Dieser frühbarocke Garten sollte als der erste Terrassengarten nördlich der Alpen in die Landesgeschichte eingehen.

Heute ist der Gottorfer Neuwerkgarten der einzige in Originalgestalt erhaltene frei zugängliche Barockgarten Schleswig-Holsteins.

Ursprünglich gab es drei Gärten, die Schloss Gottorf umgaben. Neben dem Neuwerkgarten, dem jüngsten der drei, gab es den Westergarten südlich der Insel, der ein Renaissance-Garten war. Außerdem den Alten Garten, der bis ins 18. Jahrhundert als Küchengarten zur Versorgung der Schlossbewohner fungierte. Dazu gehörten auch einige Fischteiche. Der Zugang zu den Gärten war über einen Damm möglich, der mit einer Ulmenallee bepflanzt war. In der Nachkriegszeit wurden die Bäume durch Rosskastanien ersetzt.

Der Frühbarock, also das beginnende 17. Jahrhundert, ist geprägt von dem Versuch, die Phänomene in der Natur immer stärker unabhängig von der kirchlichen Weltanschauung zu beobachten und zu erklären. Die Pflanzen und Tiere, Wetter und Gestirne freigestellt von deren ganzheitlich-göttlichem Zusammenhang zu erforschen, stieß auf großes Interesse. So war auch Friedrich III. der Wissenschaft besonders zugetan, vor allem der Pflanzenkunde. Den Neuwerkgarten ließ er daher vor allem zu wissenschaftlichen Zwecken anlegen. Zuerst entstanden auf dem ebenerdigen Parterre des Gartengeländes der sogenannte Herkulesteich und eine höher gelegene Terrasse. 1660 wurde unter Friedrichs Sohn Christian Albrecht, der wiederum ein eher repräsentatives Interesse verfolgte, der Garten um vier weitere Terrassen nach Norden erweitert. Auf der höchsten Terrasse ließ er die Amalienburg bauen, ein Lusthaus, das als Abschlusspunkt der Mittelachse errichtet wurde sowie eine Orangerie zur Überwinterung frostempfindlicher Südfrüchte. Zwischen dem Herkulesteich und den vier oberen Terrassen befindet sich der halbkreisförmige Globusgarten, in dessen Scheitel das Globushaus steht.

Dieses Globushaus samt seinem Inhalt, dem drei Meter hohen Gottorfer Globus, war seinerzeit eine große Attraktion. Das begehbare Planetarium mit seiner sorgfältigen astronomischen Ausrichtung lockte Schaulustige und Wissenschaftler gleichermaßen an.

Doch nicht nur der Globus war eine Sensation, sondern auch die spektakuläre Pflanzenvielfalt, die Herzog Friedrich für seinen Garten heranschaffen ließ. Darunter befanden sich neben diversen Tulpenarten, Hyazinthen und Narzissen auch exotische Arten wie Ananas, Aloen und Zitrusgewächse, deren erstmalige Kultivierung in Nordeuropa für Aufsehen sorgte. Die Exoten waren nicht nur teuer in ihrer Anschaffung, sie bedeuteten auch eine große Herausforderung in der Pflege. Verantwortlich für die anspruchsvollen Bepflanzungen war der Hofgärtner Johannes Clodius (1584–1660).

Dokumentiert sind die etwa 1200 unterschiedlichen heimischen und nicht heimischen Arten des Neuwerkgartens im Gottorfer Codex, einem vierbändigen Florilegium, welches der Hamburger Blumenmaler Hans Simon Holtzbecker 1649 bis 1659 mit seinen detaillierten Zeichnungen versah.
Der wertvolle Pflanzenatlas befindet sich heute in Kopenhagen, im Archiv der Königlichen Kupferstichsammlung. Dort war er erst in den Achtzigerjahren des 20. Jahrhunderts von der Gartenforscherin Helga de Cuveland wiederentdeckt worden.

Bereits im 18. Jahrhundert wurde der einstige Prachtgarten dem wachsenden Verfall preisgegeben. Die imposanten Beete und aufwändig geschnittenen Hecken verwilderten, Brunnen und Kaskaden waren der Verwitterung ausgesetzt. Um die Mitte des 19. Jahrhunderts wurde Schloss Gottorf als Kaserne genutzt und auf den Terrassen des Neuwerks Reitplätze angelegt. Erstaunlich ist, dass sich von den über tausend Pflanzenarten trotz langer Vernachlässigung bis heute etwa 20 Arten erhalten haben. Sie bildeten die Grundlage für die spätere Neubepflanzung.